De antepasados escoceses, hijo de André Muffat, funcionario austriaco de origen escocés y Marguerite Orsy, se mudó con sus padres a Alsacia. Pero no sabemos si su padre combatió por los franceses, los austríacos o los Saboyardos. En 1663, con diez años, se trasladó a París y estudió con Jean Baptiste Lully. Se inició en el estilo instrumental francés, estudiando con Lully durante diez años. También se reúne con Lebegue y d’Agincourt.

Edición de la "Toccata prima" de Georg Muffat

Fue nombrado en 1669 organista en Molsheim y Selestat. Luego se fue a estudiar Derecho en Ingolstadt y trata de encontrar un puesto en Viena, apoyado por el compositor de moda: Kerll.

Tras algunos años desempeñando diversos puestos como organista en Alsacia, viajó por Bavaria a Praga y Viena (1674-77), siendo nombrado eventualmente organista y músico de cámara del Arzobispo de Salzburgo, durante una década. En 1682, viajó a Italia donde conoció el nuevo género de "Concerto Grosso" de Arcangelo Corelli y Bernardo Pasquini que le transmiten la tradición de la música de órgano de Frescobaldi. En 1690 fue nombrado Kapellmesiter del obispo de Passau, donde vivió hasta su muerte a la edad de 51 años.

Tuvo nueve hijos músicos, de los cuales el más famoso fue Gottlieb Muffat, contemporáneo de Bach y Haendel.

Muffat se consideraba a sí mismo alemán, y su procedencia cosmopolita queda reflejada en sus composiciones. Poseía un profundo conocimiento de la obra de Corelli y Lully e introdujo sus estilos en la tradición alemana, asimilándolos a su propio lenguaje.

En sus prefacios se ofrecen detalladas instrucciones interpretativas, para la práctica italiana de las cinco sonatas "Armónico tributo" (concerti grossi) de 1682, y doce conciertos similares en 1701, y para los métodos franceses de las quince suites "Florilegium" (dos series orquestales, 1695 y 1698); técnicas de arco, dinámica, tempo, ornamentación, todo es abordado en sus obras.

Su acercamiento a las formas y la fusión de elementos diversos alcanza su cúspide en un volumen de fascinantes tocatas para órgano y variaciones de 1690.